在Western實驗中，蛋白Marker可以監控蛋白質在SDS-PAGE中的遷移，監控蛋白的轉膜效率，確定蛋白分子量大小。選擇正確的蛋白Marker是westernblot實驗成功的條件之一。蛋白Marker分為兩種：一種是未預染的Marker，即寬分子量蛋白標準，高分子量蛋白標準及低分子量蛋白標準；另一種是預染的Marker，即單色預染和多色預染。

　　一、未預染蛋白Marker

　　未預染的蛋白Marker是簡單，也是最準確的一種，由于沒有附帶染料分子或者標記大小正好是蛋白原本的大小，是精確判斷蛋白大小必須的。現在的Marker多數選用預混合的marker，方便不同大小蛋白的比較。

　　二、預染蛋白Marker

　　預染蛋白Marker是一些純化較好的蛋白混合物，通過與染料共價偶聯，在電泳過程中或者轉膜時可以直接觀察到。預染Marker的出現方便了我們的實驗，這種蛋白分子量標準可以幫助我們在電泳時，電泳后，以及轉膜后檢測電泳情況和估計遷移率。值得注意的是預染蛋白Marker與染料共價偶聯，所以在不同的緩沖條件下電泳時遷移特性可能會發生某些變化，可能導致一些偏差，所以不太適合精確定位蛋白。