在設計PCR實驗時，你首先要考慮你的應用是否需要高保真聚合酶。如果實驗結果依賴于正確的DNA序列（如克隆或測序），那么你就要盡量減少錯配核苷酸的摻入。而對于普通PCR或菌落PCR，確定擴增子是否存在或質粒上是否帶有插入片段，那高保真則大可不必。由于某些高保真聚合酶的強勁特性，一些研究人員在所有擴增中都使用它們。

　　關于DNA聚合酶的高保真，目前還沒有統一的定義。人們往往與TaqDNA聚合酶比較，來判斷保真度的相對高低。例如，NEB（NewEnglandBiolabs）的科學家測定Taq聚合酶的錯誤率為2.7x10-4±0.8x10-4，或每3700個堿基1個錯誤。這些數據表明，利用Taq以25個PCR循環擴增400bp的片段，可能一半的克隆都帶有錯誤。對于較大的片段如1kb，每個克隆都可能帶有不想要的突變。相比之下，NEB的Q5超保真聚合酶的錯誤率比Taq低100倍。根據這一數據，200個克隆中的199個將是正確的。